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OntoSim-Dis : une ontologie des modèles de simulation des maladies

Release: 2026

Cette version:: https://w3id.org/ontosim-dis/1.1
Révision:: 1.1
Auteurs:: Paul Cheikh Anta DIOUF
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Citer en tant que:: Paul Cheikh Anta DIOUF. OntoSim-Dis : une ontologie des modèles de simulation des maladies. Revision: 1.1. Retrieved from: https://w3id.org/ontosim-dis/1.1

Ontology Specification Draft

Résumé

OntoSim-Dis représente les modèles de simulation des maladies : leur structure, leur paradigme, à compartiments ou multi-agents, leurs paramètres et leur exécution. Elle décrit aussi ce que chaque modèle représente : la maladie, avec ses états de santé, ses transitions et ce qui gouverne chaque transition, et le contexte pour lequel le modèle a été construit.

OntoSim-Dis - ontologie complète: Aperçu retour au sommaire

Cette ontologie a les classes et propriétés suivantes.

OntoSim-Dis - ontologie complète: Description retour au sommaire

L'ontologie OntoSim-Dis complète, une ontologie des modèles de simulation des maladies. Ce fichier ne contient aucun terme : il importe les neuf modules et porte les métadonnées de l'ensemble. Sa distinction centrale porte sur le risque : le risque d'une transition dépend-il de l'effectif d'une catégorie d'individus, comme dans une maladie transmissible, ou seulement de l'individu ? On décrit un modèle et la maladie qu'il représente ; le raisonneur en déduit si la maladie est couplée à la population, et si le modèle réalise ce couplage.

Réference croisée pour OntoSim-Dis - ontologie complète classes, propriétés et data-propriétés retour au sommaire

Cette section donne les détails de chaque classe et propriété définie par OntoSim-Dis - ontologie complète.

Classes

acute disease course
AcuteCourseDiseaseKnowledge
AdministrativeRegion
AgentBasedModel
AgentState
AgentTransition
AgentType
AridClimate
AttributeDrivenTransition
Bacterium
Behavior
BernoulliDistribution
BetaDistribution
chronic disease course
ChronicCourseDiseaseKnowledge
City
Climate
Compartment
CompartmentalModel
CompartmentDependentRate
ConstantRate
ContextKnowledge
continuant
Country
CoupledAgentBasedModel
CoupledCompartmentalModel
CoupledDiseaseKnowledge
CoupledFlow
CoupledTransition
CouplingSource
DetectionIntervention
DiagnosisIntervention
DifferentialEquation
DirectlyCoupledDeterminant
disease
disease course
DiseaseKnowledgeTemplate
disorder
disposition
District
DynamicParameter
entity
EnvironmentallyMediatedDiseaseKnowledge
EnvironmentComponent
EnvironmentModel
EpidemiologicalRole
ExecutionKnowledge
ExponentialDistribution
extended organism
FreeLivingStageState
Fungus
GammaDistribution
generically dependent continuant
GeographicRegion
GranularityLevel
HealthCentre
HealthInfrastructure
HealthState
HealthStateTransition
Hospital
HostRole
immaterial entity
independent continuant
IndirectlyCoupledDeterminant
IndividualAttribute
IndividualDeterminant
IndividualProgressionDiseaseKnowledge
InfectiousDiseaseKnowledge
information content entity
InitialCondition
InteractionTriggeredTransition
InteractionType
IntermediateHostRole
Intervention
InterventionScenario
Isolation
MaskWearing
material entity
MixedPopulation
ModelComponent
ModelNature
ModelParameter
ModelPurpose
ModelScope
ModelStructureKnowledge
MovementRestriction
NonHumanHostState
NonPharmaceuticalIntervention
NormalDistribution
occurrent
organism population
ParadigmType
Parasite
Pathogen
PharmaceuticalIntervention
PoissonDistribution
Population
PopulationCoupledDeterminant
predisposition to disease of type X
ProbabilityDistribution
process
progressive disease course
ProgressiveCourseDiseaseKnowledge
quality
Quarantine
RateSpecification
realizable entity
ReservoirRole
ReservoirState
RiskFactor
RuleComponent
RuralPopulation
SchoolClosure
ScreeningIntervention
SimulationExecution
SimulationKnowledgeArtifact
SimulationModel
SimulationObservation
SimulationResult
SimulationScenario
SocialDistancing
SpatialType
specifically dependent continuant
StateComponent
StaticApproximationAgentTransition
StaticApproximationFlow
StaticApproximationModel
StaticParameter
TemperateClimate
TemporalType
transient disease course
TransientCourseDiseaseKnowledge
TransitionComponent
TransitionDeterminant
TransitionFlow
TransmissionReducingIntervention
TransmissionRoute
Treatment
TropicalClimate
UniformDistribution
UrbanPopulation
Vaccination
VaccinationCentre
ValidationMethod
VectorRole
Virus

acute disease course^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/OGMS_0000094

A disease course with an acute onset.

a pour super-classes: disease course ^c

AcuteCourseDiseaseKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#AcuteCourseDiseaseKnowledge

Maladie à début brutal. Quatrième forme de cours reconnue par OGMS, aux côtés des formes chronique, progressive et transitoire. Contraint peu la structure du modèle mais qualifie la dynamique d'entrée.

Est équivalent à: DiseaseKnowledgeTemplate ^c and (hasDiseaseCourseShape ^op some acute disease course ^c)
a pour super-classes: DiseaseKnowledgeTemplate ^c

AdministrativeRegion^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#AdministrativeRegion

Division administrative d'un pays. Le Sénégal en compte quatorze.

a pour super-classes: GeographicRegion ^c
est disjoint avec: City ^c, Country ^c, District ^c

AgentBasedModel^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#AgentBasedModel

Modèle dans lequel des agents autonomes, suivant chacun son comportement, interagissent et produisent le comportement du système.

a pour super-classes: SimulationModel ^c
a pour sous-classes: CoupledAgentBasedModel ^c
a pour domaine: hasAgentTransition ^op, hasAgentType ^op, hasBehavior ^op, hasEnvironmentModel ^op

AgentState^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#AgentState

État qu'un agent peut occuper. Forme multi-agents d'un composant d'état.

a pour super-classes: StateComponent ^c
a pour cible: hasAgentState ^op

AgentTransition^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#AgentTransition

Changement d'état d'un agent. Hérite de la transition de couche 2 ses états de départ et d'arrivée.

a pour super-classes: TransitionComponent ^c
a pour sous-classes: AttributeDrivenTransition ^c, InteractionTriggeredTransition ^c
a pour domaine: triggeredBy ^op
a pour cible: hasAgentTransition ^op

AgentType^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#AgentType

Catégorie d'entités autonomes du modèle. L'agent individuel n'est pas modélisé car il n'existe qu'à l'exécution.

a pour super-classes: ModelComponent ^c
a pour domaine: agentTypeName ^dp, hasAgentState ^op, initialAgentCount ^dp
a pour cible: hasAgentType ^op, involvesAgentType ^op

AridClimate^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#AridClimate

Climat sec à faibles précipitations.

a pour super-classes: Climate ^c
est disjoint avec: TemperateClimate ^c, TropicalClimate ^c

AttributeDrivenTransition^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#AttributeDrivenTransition

Transition déclenchée par les seuls attributs de l'agent : son âge, le temps passé dans son état courant. Déterminant individuel.

a pour super-classes: AgentTransition ^c
a pour sous-classes: StaticApproximationAgentTransition ^c
est disjoint avec: InteractionTriggeredTransition ^c

Bacterium^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Bacterium

Agent pathogène unicellulaire dépourvu de noyau.

a pour super-classes: Pathogen ^c
est disjoint avec: Fungus ^c, Parasite ^c, Virus ^c

Behavior^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Behavior

Règle disant ce que fait un agent selon son état et ce qui l'entoure.

a pour super-classes: RuleComponent ^c
a pour domaine: behaviorExpression ^dp
a pour cible: hasBehavior ^op

BernoulliDistribution^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#BernoulliDistribution

Loi d'un tirage unique à deux issues de probabilité donnée.

a pour super-classes: ProbabilityDistribution ^c
est disjoint avec: BetaDistribution ^c, ExponentialDistribution ^c, GammaDistribution ^c, NormalDistribution ^c, PoissonDistribution ^c, UniformDistribution ^c

BetaDistribution^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#BetaDistribution

Loi sur l'intervalle de zéro à un, employée pour les proportions et les probabilités.

a pour super-classes: ProbabilityDistribution ^c
est disjoint avec: BernoulliDistribution ^c, ExponentialDistribution ^c, GammaDistribution ^c, NormalDistribution ^c, PoissonDistribution ^c, UniformDistribution ^c

chronic disease course^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/OGMS_0000064

A disease course that (a) does not terminate in a return to normal homeostasis and (b) would, absent intervention, fall within abnormal homeostatic range.

a pour super-classes: disease course ^c

ChronicCourseDiseaseKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ChronicCourseDiseaseKnowledge

Maladie dont le cours ne revient pas à l'homéostasie normale. Impose au moins un état absorbant.

Est équivalent à: DiseaseKnowledgeTemplate ^c and (hasDiseaseCourseShape ^op some chronic disease course ^c)
a pour super-classes: DiseaseKnowledgeTemplate ^c

City^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#City

Localité urbaine.

a pour super-classes: GeographicRegion ^c
est disjoint avec: AdministrativeRegion ^c, Country ^c, District ^c

Climate^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Climate

Conditions climatiques influençant la transmission des maladies. Déterminantes pour les maladies à vecteur et à transmission hydrique, où température et humidité gouvernent le cycle de vie du vecteur ou de l'hôte intermédiaire.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: AridClimate ^c, TemperateClimate ^c, TropicalClimate ^c
a pour domaine: avgHumidity ^dp, avgTemperature ^dp
a pour cible: hasClimate ^op

Compartment^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Compartment

Groupe d'individus partageant la même situation, comptés ensemble. Forme compartimentale d'un composant d'état.

a pour super-classes: StateComponent ^c
a pour domaine: compartmentInitialSize ^dp, compartmentSymbol ^dp
a pour cible: dependsOnCompartment ^op, governsCompartment ^op, hasCompartment ^op

CompartmentalModel^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#CompartmentalModel

Modèle divisant la population en compartiments, entre lesquels des flux font passer les individus à certains taux.

a pour super-classes: SimulationModel ^c
a pour sous-classes: CoupledCompartmentalModel ^c
a pour domaine: hasCompartment ^op, hasEquation ^op, hasFlow ^op

CompartmentDependentRate^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#CompartmentDependentRate

Taux dont la valeur dépend du contenu courant d'un ou plusieurs compartiments, ce qui rend le système non linéaire et couplé. Forme compartimentale du couplage populationnel.

a pour super-classes: RateSpecification ^c
a pour domaine: dependsOnCompartment ^op
est disjoint avec: ConstantRate ^c

ConstantRate^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ConstantRate

Taux qui ne dépend du contenu courant d'aucun compartiment. Déterminant individuel. « Constant » veut dire ici indépendant des compartiments, et non fixe dans le temps : un taux saisonnier qui ne lit aucun compartiment est aussi un ConstantRate. On le déclare alors comme tel, et sa valeur s'écrit avec rateExpression, car rateConstantValue ne donne qu'une valeur fixe.

a pour super-classes: RateSpecification ^c
a pour domaine: rateConstantValue ^dp
est disjoint avec: CompartmentDependentRate ^c

ContextKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ContextKnowledge

Deuxième composant du Quadruplet de recomposition (CK). Décrit où, pour qui et dans quelles conditions un modèle s'applique.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour domaine: hasClimate ^op, hasGeographicRegion ^op, hasHealthInfrastructure ^op, hasPopulation ^op
a pour cible: hasContextKnowledge ^op

continuant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000002

A continuant is an entity that persists, endures, or continues to exist through time while maintaining its identity.

a pour super-classes: entity ^c
a pour sous-classes: generically dependent continuant ^c, independent continuant ^c, specifically dependent continuant ^c
a pour cible: has participant ^op
est disjoint avec: occurrent ^c

Country^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Country

Niveau administratif le plus haut.

a pour super-classes: GeographicRegion ^c
est disjoint avec: AdministrativeRegion ^c, City ^c, District ^c

CoupledAgentBasedModel^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#CoupledAgentBasedModel

Modèle multi-agents comportant au moins une transition déclenchée par une interaction. Inféré par le raisonneur sans que personne ait déclaré le modèle infectieux.

Est équivalent à: AgentBasedModel ^c and (hasAgentTransition ^op some InteractionTriggeredTransition ^c)
a pour super-classes: AgentBasedModel ^c

CoupledCompartmentalModel^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#CoupledCompartmentalModel

Modèle compartimental comportant au moins un flux couplé. Inféré par le raisonneur sans que personne ait déclaré le modèle infectieux.

Est équivalent à: CompartmentalModel ^c and (hasFlow ^op some CoupledFlow ^c)
a pour super-classes: CompartmentalModel ^c

CoupledDiseaseKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#CoupledDiseaseKnowledge

Connaissance de maladie comportant au moins une transition couplée. Le raisonneur classe ici toute maladie dont une transition dépend de l'état de la population, SANS qu'on ait déclaré qu'elle est infectieuse.

Est équivalent à: DiseaseKnowledgeTemplate ^c and (hasStateTransition ^op some CoupledTransition ^c)
a pour super-classes: DiseaseKnowledgeTemplate ^c

CoupledFlow^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#CoupledFlow

Flux dont le taux dépend du contenu d'un compartiment.

Est équivalent à: TransitionFlow ^c and (hasRate ^op some CompartmentDependentRate ^c)
a pour super-classes: TransitionFlow ^c

CoupledTransition^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#CoupledTransition

Transition d'état de santé gouvernée par au moins un déterminant couplé à la population.

Est équivalent à: HealthStateTransition ^c and (isGovernedBy ^op some PopulationCoupledDeterminant ^c)
a pour super-classes: HealthStateTransition ^c

CouplingSource^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#CouplingSource

Catégorie dont on peut lire l'effectif courant et dont la lecture peut faire varier un risque. Classe abstraite : on n'en crée jamais d'instance directe, seulement des sous-classes. Un état de santé humain dans le noyau, un état de réservoir dans l'extension infectieuse.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: HealthState ^c, ReservoirState ^c
a pour cible: dependsOnCountIn ^op

DetectionIntervention^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#DetectionIntervention

Intervention dont le but est de savoir si un individu a la maladie, et non de la soigner. Elle modifie un déterminant par l'intermédiaire de ce qu'elle déclenche : un individu détecté est traité, suivi ou isolé.

a pour super-classes: Intervention ^c
a pour sous-classes: DiagnosisIntervention ^c, ScreeningIntervention ^c
a pour domaine: detects ^op, hasSensitivity ^op, hasSpecificity ^op

DiagnosisIntervention^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#DiagnosisIntervention

Détection appliquée à un individu présentant déjà des signes de la maladie. C'est ce que fait la pratique clinique en l'absence de dépistage.

a pour super-classes: DetectionIntervention ^c
est disjoint avec: ScreeningIntervention ^c

DifferentialEquation^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#DifferentialEquation

Équation donnant la variation dans le temps du contenu d'un compartiment, comme bilan des flux qui y entrent et en sortent.

a pour super-classes: ModelComponent ^c
a pour domaine: equationExpression ^dp, governsCompartment ^op, involvesFlow ^op
a pour cible: hasEquation ^op

DirectlyCoupledDeterminant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#DirectlyCoupledDeterminant

Classe DÉFINIE : déterminant dont la valeur se lit sur un effectif d'humains. Signature de la transmission interhumaine directe. Le raisonneur y classe la force d'infection du COVID, de la grippe, de la rougeole. N'est PAS disjointe de IndirectlyCoupledDeterminant : un risque peut lire les deux à la fois, ce qui est le cas du cycle complet de la schistosomiase.

Est équivalent à: PopulationCoupledDeterminant ^c and (dependsOnCountIn ^op some HealthState ^c)
a pour super-classes: PopulationCoupledDeterminant ^c

disease^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/OGMS_0000031

Une prédisposition (i) à subir des processus pathologiques qui (ii) existe chez un organisme en raison d'un ou plusieurs troubles affectant cet organisme.

a pour super-classes: disposition ^c
a pour domaine: hasMaterialBasisIn ^op
a pour cible: representsDisease ^op

disease course^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/OGMS_0000063

The totality of all processes through which a given disease instance is realized.

a pour super-classes: process ^c
a pour sous-classes: acute disease course ^c, chronic disease course ^c, progressive disease course ^c, transient disease course ^c
a pour cible: hasDiseaseCourseShape ^op, representsPhaseOf ^op

DiseaseKnowledgeTemplate^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#DiseaseKnowledgeTemplate

Premier composant du Quadruplet de recomposition (DK). Connaissance structurée sur une maladie, indépendante de son type, du paradigme de modélisation et du contexte géographique. C'est un artefact d'information : il est À PROPOS d'une maladie, il n'est pas la maladie.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: AcuteCourseDiseaseKnowledge ^c, ChronicCourseDiseaseKnowledge ^c, CoupledDiseaseKnowledge ^c, IndividualProgressionDiseaseKnowledge ^c, InfectiousDiseaseKnowledge ^c, ProgressiveCourseDiseaseKnowledge ^c, TransientCourseDiseaseKnowledge ^c
a pour domaine: caseFatalityRate ^dp, diseaseName ^dp, hasDiseaseCourseShape ^op, hasEpidemiologicalRole ^op, hasHealthState ^op, hasPathogen ^op, hasRefToDO ^dp, hasRefToICD ^dp, hasRefToSNOMED ^dp, hasReservoirState ^op, hasRiskFactor ^op, hasStateTransition ^op, hasTransmissionRoute ^op, representsDisease ^op
a pour cible: detects ^op

disorder^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/OGMS_0000045

Une entité matérielle cliniquement anormale et faisant partie d'un organisme étendu. Les troubles constituent le fondement physique de la maladie.

a pour super-classes: material entity ^c
a pour cible: hasMaterialBasisIn ^op

disposition^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000016

Dire que « b est une disposition » signifie que : b est une entité réalisable ; le porteur de b est une entité matérielle ; b est telle que, si elle cesse d'exister, son porteur subit une modification physique ; la réalisation de b survient lorsque, et parce que, ce porteur se trouve dans certaines circonstances physiques particulières, et cette réalisation se produit en vertu de la constitution physique du porteur.

a pour super-classes: realizable entity ^c
a pour sous-classes: disease ^c, predisposition to disease of type X ^c

District^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#District

Division administrative d'une région.

a pour super-classes: GeographicRegion ^c
est disjoint avec: AdministrativeRegion ^c, City ^c, Country ^c

DynamicParameter^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#DynamicParameter

Paramètre dont la valeur varie dans le temps, par exemple un taux de transmission dépendant du temps.

a pour super-classes: ModelParameter ^c
est disjoint avec: StaticParameter ^c

entity^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000001

An entity is anything that exists or has existed or will exist.

a pour sous-classes: continuant ^c, occurrent ^c

EnvironmentallyMediatedDiseaseKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#EnvironmentallyMediatedDiseaseKnowledge

Classe DÉFINIE : maladie infectieuse dont la transmission passe par un effectif non humain. Le raisonneur l'infère à partir de la structure du modèle, SANS que personne ait déclaré la maladie environnementale. Schistosomiase, paludisme et choléra y tombent ; COVID, grippe et rougeole n'y tombent pas.

Est équivalent à: InfectiousDiseaseKnowledge ^c and (hasReservoirState ^op some ReservoirState ^c)
a pour super-classes: InfectiousDiseaseKnowledge ^c

EnvironmentComponent^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#EnvironmentComponent

Facteur externe ou contextuel influençant le système modélisé : météo, relief, infrastructure.

a pour super-classes: ModelComponent ^c
a pour sous-classes: EnvironmentModel ^c
est disjoint avec: ModelParameter ^c, RuleComponent ^c, StateComponent ^c, TransitionComponent ^c

EnvironmentModel^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#EnvironmentModel

Milieu dans lequel les agents se déplacent et se rencontrent. Sa nature spatiale est donnée par le type d'espace de la structure de modèle, en couche 2 et n'est pas répétée ici.

a pour super-classes: EnvironmentComponent ^c
a pour cible: hasEnvironmentModel ^op

EpidemiologicalRole^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#EpidemiologicalRole

Part qu'un organisme prend dans la transmission d'une maladie.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: HostRole ^c, IntermediateHostRole ^c, ReservoirRole ^c, VectorRole ^c
a pour cible: hasEpidemiologicalRole ^op, isStateOfRole ^op, transmittedThroughRole ^op

ExecutionKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ExecutionKnowledge

Comment exécuter le modèle : quel simulateur, combien de répétitions, avec quelle graine aléatoire. Quatrième composant du Quadruplet, à côté de la connaissance de la maladie, du contexte et de la structure. Ce n'est pas l'exécution elle-même, qui est un processus, mais la configuration que cette exécution réalise.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour domaine: numberOfRuns ^dp, randomSeed ^dp, simulatorName ^dp, simulatorVersion ^dp
a pour cible: appliesExecutionKnowledge ^op, hasExecutionKnowledge ^op

ExponentialDistribution^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ExponentialDistribution

Loi du temps séparant deux événements survenant à taux constant.

a pour super-classes: ProbabilityDistribution ^c
est disjoint avec: BernoulliDistribution ^c, BetaDistribution ^c, GammaDistribution ^c, NormalDistribution ^c, PoissonDistribution ^c, UniformDistribution ^c

extended organism^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/OGMS_0000087

Un agrégat d'objets constitué d'un organisme et de toutes les entités matérielles situées à l'intérieur de l'organisme, chevauchant l'organisme ou occupant des sites formés en partie par l'organisme.

a pour super-classes: material entity ^c

FreeLivingStageState^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#FreeLivingStageState

Effectif d'un stade libre de l'agent pathogène présent dans un milieu, hors de tout hôte. Les cercaires dans l'eau, les miracidies. Sous l'hypothèse de quasi-équilibre, cet effectif se lit sur celui des hôtes qui le produisent et n'a pas besoin d'un compartiment propre.

a pour super-classes: ReservoirState ^c
est disjoint avec: NonHumanHostState ^c

Fungus^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Fungus

Champignon pathogène.

a pour super-classes: Pathogen ^c
est disjoint avec: Bacterium ^c, Parasite ^c, Virus ^c

GammaDistribution^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#GammaDistribution

Loi sur les valeurs positives, employée pour les coûts et les durées.

a pour super-classes: ProbabilityDistribution ^c
est disjoint avec: BernoulliDistribution ^c, BetaDistribution ^c, ExponentialDistribution ^c, NormalDistribution ^c, PoissonDistribution ^c, UniformDistribution ^c

generically dependent continuant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000031

b is a generically dependent continuant = Def. b is a continuant that g-depends_on one or more other entities.

a pour super-classes: continuant ^c
a pour sous-classes: information content entity ^c
est disjoint avec: independent continuant ^c, specifically dependent continuant ^c

GeographicRegion^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#GeographicRegion

Territoire auquel un modèle s'applique. Quatre niveaux administratifs : pays, région, district, ville.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: AdministrativeRegion ^c, City ^c, Country ^c, District ^c
a pour domaine: isSubRegionOf ^op, numberOfZones ^dp, regionName ^dp
a pour cible: hasGeographicRegion ^op, isLocatedInRegion ^op, isSubRegionOf ^op

GranularityLevel^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#GranularityLevel

Niveau de détail auquel les entités modélisées sont décrites. Liste fermée.

Est équivalent à: { Group ⁿⁱ , Individual ⁿⁱ , Multiscale ⁿⁱ , Regional ⁿⁱ }
a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour cible: hasGranularityLevel ^op
a pour membres: Group ⁿⁱ, Individual ⁿⁱ, Multiscale ⁿⁱ, Regional ⁿⁱ

HealthCentre^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#HealthCentre

Structure de proximité assurant les soins primaires.

a pour super-classes: HealthInfrastructure ^c

HealthInfrastructure^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#HealthInfrastructure

Structures de santé disponibles dans le contexte. Détermine la capacité de réponse, et le seuil de saturation au-delà duquel la létalité augmente.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: HealthCentre ^c, Hospital ^c, VaccinationCentre ^c
a pour domaine: hospitalCapacity ^dp
a pour cible: hasHealthInfrastructure ^op

HealthState^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#HealthState

État qu'un individu peut occuper vis-à-vis d'une maladie. C'est une connaissance sur une phase du cours de la maladie et NON un composant de modèle : un compartiment ou un état d'agent le représente, par le pont representsHealthState.

a pour super-classes: CouplingSource ^c
a pour domaine: hasEndAge ^op, hasOnsetAge ^op, healthStateName ^dp, isAbsorbingState ^dp, representsPhaseOf ^op, supersedesHealthState ^op
a pour cible: hasHealthState ^op, hasSourceHealthState ^op, hasTargetHealthState ^op, representsHealthState ^op, supersedesHealthState ^op
est disjoint avec: ReservoirState ^c, HealthStateTransition ^c, IndividualAttribute ^c, TransitionDeterminant ^c, HealthStateTransition ^c, RiskFactor ^c, TransitionDeterminant ^c

HealthStateTransition^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#HealthStateTransition

Passage d'un individu d'un état de santé à un autre. Classe pivot du noyau : c'est le seul endroit où la structure du modèle est décidée, parce que c'est le déterminant de la transition qui impose sa forme mathématique.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: CoupledTransition ^c
a pour domaine: hasSourceHealthState ^op, hasTargetHealthState ^op, isGovernedBy ^op
a pour cible: hasStateTransition ^op, representsStateTransition ^op
est disjoint avec: ReservoirState ^c, HealthState ^c, IndividualAttribute ^c, TransitionDeterminant ^c, HealthState ^c, RiskFactor ^c, TransitionDeterminant ^c

Hospital^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Hospital

Structure disposant de lits, capable d'accueillir les cas graves.

a pour super-classes: HealthInfrastructure ^c

HostRole^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#HostRole

Organisme dans lequel l'agent pathogène se développe et qui subit la maladie.

a pour super-classes: EpidemiologicalRole ^c
est disjoint avec: IntermediateHostRole ^c, ReservoirRole ^c, VectorRole ^c

immaterial entity^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000141

a pour super-classes: independent continuant ^c
est disjoint avec: material entity ^c

independent continuant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000004

b is an independent continuant = Def. b is a continuant which is such that there is no c and no t such that b s-depends_on c at t.

a pour super-classes: continuant ^c
a pour sous-classes: immaterial entity ^c, material entity ^c
est disjoint avec: specifically dependent continuant ^c, generically dependent continuant ^c

IndirectlyCoupledDeterminant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#IndirectlyCoupledDeterminant

Classe DÉFINIE : déterminant dont la valeur se lit sur un effectif non humain. Signature de la transmission médiée par un réservoir ou un milieu. Le raisonneur y classe le risque d'infection de la schistosomiase, du paludisme, du choléra.

Est équivalent à: PopulationCoupledDeterminant ^c and (dependsOnCountIn ^op some ReservoirState ^c)
a pour super-classes: PopulationCoupledDeterminant ^c

IndividualAttribute^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#IndividualAttribute

Caractéristique clinique ou démographique d'un individu dont la valeur peut modifier l'évolution de la maladie : âge, sexe, comorbidité, biomarqueur, statut vaccinal.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour cible: dependsOnAttribute ^op
est disjoint avec: HealthState ^c, HealthStateTransition ^c, TransitionDeterminant ^c

IndividualDeterminant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#IndividualDeterminant

Déterminant dont la valeur ne dépend pas des autres individus. Il peut lire des attributs de l'individu concerné (âge, sexe, comorbidité, biomarqueur), ou aucun, comme le taux de guérison γ du modèle SIR. Conséquence structurelle : les trajectoires individuelles sont indépendantes, ce qui autorise la microsimulation et les modèles multi-états. Pleinement couvert par OSDi.

a pour super-classes: TransitionDeterminant ^c
a pour domaine: dependsOnAttribute ^op
est disjoint avec: PopulationCoupledDeterminant ^c

IndividualProgressionDiseaseKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#IndividualProgressionDiseaseKnowledge

Connaissance de maladie dont toutes les transitions sont individuelles. Modélisable par microsimulation, modèle multi-états ou arbre de décision.

Est équivalent à: DiseaseKnowledgeTemplate ^c and (hasStateTransition ^op only isGovernedBy ^op only IndividualDeterminant ^c)
a pour super-classes: DiseaseKnowledgeTemplate ^c

InfectiousDiseaseKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#InfectiousDiseaseKnowledge

Connaissance d'une maladie causée par un agent pathogène. Classe DÉFINIE : toute connaissance de maladie déclarant un agent pathogène est classée ici par le raisonneur, sans qu'on ait à dire qu'elle est infectieuse.

Est équivalent à: DiseaseKnowledgeTemplate ^c and (hasPathogen ^op some Pathogen ^c)
a pour super-classes: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour sous-classes: EnvironmentallyMediatedDiseaseKnowledge ^c
a pour domaine: basicReproductionNumber ^dp, hasPermanentImmunity ^dp, incubationPeriodDays ^dp, infectiousPeriodDays ^dp, latentPeriodDays ^dp, reinfectionPossible ^dp

information content entity^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000030

A generically dependent continuant that is about some thing.

a pour super-classes: generically dependent continuant ^c
a pour sous-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour domaine: is about ^op

InitialCondition^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#InitialCondition

Paramètre donnant la valeur d'une grandeur au début de la simulation.

a pour super-classes: ModelParameter ^c

InteractionTriggeredTransition^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#InteractionTriggeredTransition

Transition déclenchée par une interaction avec d'autres agents, donc dépendant de leur état. Forme multi-agents du couplage populationnel. Classe définie : le raisonneur classe ici toute transition d'agent déclenchée par une interaction.

Est équivalent à: AgentTransition ^c and (triggeredBy ^op some InteractionType ^c)
a pour super-classes: AgentTransition ^c
est disjoint avec: AttributeDrivenTransition ^c

InteractionType^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#InteractionType

Sorte de rencontre ou d'échange entre agents.

a pour super-classes: ModelComponent ^c
a pour domaine: contactRatePerDay ^dp, interactionProbability ^dp, involvesAgentType ^op
a pour cible: triggeredBy ^op

IntermediateHostRole^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#IntermediateHostRole

Organisme dans lequel l'agent pathogène accomplit une étape de son cycle de vie avant d'atteindre son hôte final. L'escargot dans la schistosomiase.

a pour super-classes: EpidemiologicalRole ^c
est disjoint avec: HostRole ^c, ReservoirRole ^c, VectorRole ^c

Intervention^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Intervention

Mesure de contrôle appliquée pendant la simulation, qui modifie le cours de la maladie en agissant sur au moins un déterminant.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: DetectionIntervention ^c, NonPharmaceuticalIntervention ^c, PharmaceuticalIntervention ^c, TransmissionReducingIntervention ^c
a pour domaine: coverageRate ^dp, interventionEndDate ^dp, interventionIntensity ^dp, interventionStartDate ^dp, modifiesDeterminant ^op

InterventionScenario^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#InterventionScenario

Scénario dans lequel une ou plusieurs interventions sont appliquées : vaccination, traitement, mesure de contrôle.

a pour super-classes: SimulationScenario ^c

Isolation^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Isolation

Mise à l'écart d'individus dont on sait qu'ils sont infectieux.

a pour super-classes: NonPharmaceuticalIntervention ^c

MaskWearing^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#MaskWearing

Réduction de la probabilité de transmission lors d'un contact.

a pour super-classes: NonPharmaceuticalIntervention ^c

material entity^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000040

A material entity is an independent continuant that has some portion of matter as proper or improper continuant part.

a pour super-classes: independent continuant ^c
a pour sous-classes: disorder ^c, extended organism ^c, organism population ^c
est disjoint avec: immaterial entity ^c

MixedPopulation^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#MixedPopulation

Population mêlant zones urbaines et rurales au sein d'un même territoire.

a pour super-classes: Population ^c
est disjoint avec: RuralPopulation ^c, UrbanPopulation ^c

ModelComponent^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ModelComponent

Partie constitutive de la structure d'un modèle.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: AgentType ^c, DifferentialEquation ^c, EnvironmentComponent ^c, InteractionType ^c, ModelParameter ^c, RuleComponent ^c, StateComponent ^c, TransitionComponent ^c
a pour domaine: realisesDeterminant ^op
a pour cible: hasComponent ^op

ModelNature^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ModelNature

Dit si le modèle explique les mécanismes ou se contente de reproduire les observations. Liste fermée. Ce critère décide de ce qui est recomposable : on ne recompose pas une boîte noire comme un modèle à mécanismes.

Est équivalent à: { Empirical ⁿⁱ , Grey box ⁿⁱ , Mechanistic ⁿⁱ }
a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour cible: hasModelNature ^op
a pour membres: Empirical ⁿⁱ, Grey box ⁿⁱ, Mechanistic ⁿⁱ

ModelParameter^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ModelParameter

Grandeur nommée dont la valeur fixe une partie du comportement du modèle. Fusionne les anciennes classes ParameterComponent et ModelParameter.

a pour super-classes: ModelComponent ^c
a pour sous-classes: DynamicParameter ^c, InitialCondition ^c, RateSpecification ^c, StaticParameter ^c
a pour domaine: defaultValue ^dp, hasUncertaintyDistribution ^op, parameterName ^dp, parameterUnit ^dp, parameterValue ^dp
a pour cible: hasEndAge ^op, hasOnsetAge ^op, hasParameter ^op, hasSensitivity ^op, hasSpecificity ^op, quantifiedBy ^op
est disjoint avec: EnvironmentComponent ^c, RuleComponent ^c, StateComponent ^c, TransitionComponent ^c

ModelPurpose^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ModelPurpose

Objectif pour lequel le modèle a été construit. Liste fermée. Connaître l'objectif permet de juger si un modèle convient à une situation donnée, et d'identifier les caractéristiques qu'il doit réunir.

Est équivalent à: { Dynamics research ⁿⁱ , Epidemic planning ⁿⁱ , Methodological research ⁿⁱ , Retrospective analysis ⁿⁱ }
a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour cible: hasModelPurpose ^op
a pour membres: Dynamics research ⁿⁱ, Epidemic planning ⁿⁱ, Methodological research ⁿⁱ, Retrospective analysis ⁿⁱ

ModelScope^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ModelScope

Dit si le modèle est réglable pour plusieurs maladies ou construit pour une seule. Liste fermée. C'est le critère qui décide si un modèle est réutilisable ailleurs.

Est équivalent à: { General ⁿⁱ , Specific ⁿⁱ }
a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour cible: hasModelScope ^op
a pour membres: General ⁿⁱ, Specific ⁿⁱ

ModelStructureKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ModelStructureKnowledge

Connaissance décrivant la structure interne d'un modèle : ses composants, et ses choix de traitement du hasard (déterministe ou stochastique), de temps, d'espace et de granularité. Composant MSK du Quadruplet de recomposition.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour domaine: hasComponent ^op, hasGranularityLevel ^op, hasParadigm ^op, hasSpatialType ^op, hasTemporalType ^op, simulationDurationInDays ^dp, timeStepInDays ^dp
a pour cible: hasStructureKnowledge ^op

MovementRestriction^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#MovementRestriction

Limitation des déplacements : confinement, couvre-feu, fermeture des frontières.

a pour super-classes: NonPharmaceuticalIntervention ^c

NonHumanHostState^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#NonHumanHostState

Effectif d'organismes non humains se trouvant dans un état donné du cycle de l'agent pathogène. Les escargots infectés de la schistosomiase, les moustiques infectieux du paludisme.

a pour super-classes: ReservoirState ^c
est disjoint avec: FreeLivingStageState ^c

NonPharmaceuticalIntervention^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#NonPharmaceuticalIntervention

Intervention agissant sur le comportement ou la réglementation sans produit médical.

a pour super-classes: Intervention ^c
a pour sous-classes: Isolation ^c, MaskWearing ^c, MovementRestriction ^c, Quarantine ^c, SchoolClosure ^c, SocialDistancing ^c
est disjoint avec: PharmaceuticalIntervention ^c

NormalDistribution^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#NormalDistribution

Loi symétrique caractérisée par une moyenne et un écart type.

a pour super-classes: ProbabilityDistribution ^c
est disjoint avec: BernoulliDistribution ^c, BetaDistribution ^c, ExponentialDistribution ^c, GammaDistribution ^c, PoissonDistribution ^c, UniformDistribution ^c

occurrent^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000003

An occurrent is an entity that unfolds itself in time or it is the instantaneous boundary of such an entity (for example a beginning or an ending) or it is a temporal or spatiotemporal region which such an entity occupies_temporal_region or occupies_spatiotemporal_region.

a pour super-classes: entity ^c
a pour sous-classes: process ^c
a pour domaine: has participant ^op
est disjoint avec: continuant ^c

organism population^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/OGMS_0000084

Un regroupement d'organismes du même type.

a pour super-classes: material entity ^c

ParadigmType^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ParadigmType

Nature du traitement du hasard par le modèle : déterministe ou stochastique. Liste fermée. Malgré son nom, cette classe ne désigne pas le paradigme de modélisation au sens des couches 3A et 3B (agents, compartiments) : un modèle à compartiments peut être déterministe ou stochastique.

Est équivalent à: { Deterministic ⁿⁱ , Stochastic ⁿⁱ }
a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour cible: hasParadigm ^op
a pour membres: Deterministic ⁿⁱ, Stochastic ⁿⁱ

Parasite^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Parasite

Organisme vivant aux dépens d'un hôte, souvent avec un cycle de vie passant par plusieurs hôtes.

a pour super-classes: Pathogen ^c
est disjoint avec: Bacterium ^c, Fungus ^c, Virus ^c

Pathogen^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Pathogen

Agent infectieux responsable de la maladie.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: Bacterium ^c, Fungus ^c, Parasite ^c, Virus ^c
a pour domaine: hasRefToNCBITaxon ^dp, pathogenName ^dp
a pour cible: hasPathogen ^op

PharmaceuticalIntervention^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#PharmaceuticalIntervention

Intervention reposant sur un produit médical : vaccin, antiviral, antibiotique.

a pour super-classes: Intervention ^c
a pour sous-classes: Treatment ^c, Vaccination ^c
est disjoint avec: NonPharmaceuticalIntervention ^c

PoissonDistribution^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#PoissonDistribution

Loi du nombre d'événements survenant dans un intervalle fixe.

a pour super-classes: ProbabilityDistribution ^c
est disjoint avec: BernoulliDistribution ^c, BetaDistribution ^c, ExponentialDistribution ^c, GammaDistribution ^c, NormalDistribution ^c, UniformDistribution ^c

Population^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Population

Groupe d'individus dans un contexte géographique. Alignement partiel avec osdi:Population, qui décrit une cohorte clinique par âge, sexe, espérance de vie et effectif ; ici la population est située, avec sa densité, ses ménages et son territoire. Le recouvrement est partiel et doit être documenté comme tel.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: MixedPopulation ^c, RuralPopulation ^c, UrbanPopulation ^c
a pour domaine: averageHouseholdSize ^dp, isLocatedInRegion ^op, medianAge ^dp, populationDensity ^dp, populationSize ^dp
a pour cible: hasPopulation ^op

PopulationCoupledDeterminant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#PopulationCoupledDeterminant

Déterminant dont la valeur dépend du nombre d'individus se trouvant actuellement dans une catégorie donnée, humaine ou non. Exemple canonique : la force d'infection. Conséquence structurelle : le système est non linéaire et couplé, les trajectoires individuelles ne sont pas indépendantes.

a pour super-classes: TransitionDeterminant ^c
a pour sous-classes: DirectlyCoupledDeterminant ^c, IndirectlyCoupledDeterminant ^c
a pour domaine: dependsOnCountIn ^op
est disjoint avec: IndividualDeterminant ^c

predisposition to disease of type X^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/OGMS_0000030

Une prédisposition chez un organisme qui constitue un risque accru pour cet organisme de développer ultérieurement la maladie X.

a pour super-classes: disposition ^c

ProbabilityDistribution^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ProbabilityDistribution

Loi de probabilité caractérisant l'incertitude d'un paramètre, ou le tirage aléatoire d'une valeur.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: BernoulliDistribution ^c, BetaDistribution ^c, ExponentialDistribution ^c, GammaDistribution ^c, NormalDistribution ^c, PoissonDistribution ^c, UniformDistribution ^c
a pour domaine: alphaParameter ^dp, betaParameter ^dp, lambdaParameter ^dp, lowerLimitParameter ^dp, meanParameter ^dp, probabilityParameter ^dp, standardDeviationParameter ^dp, upperLimitParameter ^dp
a pour cible: hasUncertaintyDistribution ^op

process^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000015

An occurrent that has temporal proper parts and for some time t, p s-depends_on some material entity at t.

a pour super-classes: occurrent ^c
a pour sous-classes: SimulationExecution ^c, disease course ^c
a pour domaine: has input ^op, realizes ^op
a pour cible: realized in ^op

progressive disease course^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/OGMS_0000065

A disease course that (a) does not terminate in a return to normal homeostasis and (b) would, absent intervention, involve an increasing deviation from homeostasis.

a pour super-classes: disease course ^c

ProgressiveCourseDiseaseKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ProgressiveCourseDiseaseKnowledge

Maladie à déviation croissante. Impose une progression ordonnée par stades, sans retour.

Est équivalent à: DiseaseKnowledgeTemplate ^c and (hasDiseaseCourseShape ^op some progressive disease course ^c)
a pour super-classes: DiseaseKnowledgeTemplate ^c

quality^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000019

a quality is a specifically dependent continuant that, in contrast to roles and dispositions, does not require any further process in order to be realized.

a pour super-classes: specifically dependent continuant ^c
est disjoint avec: realizable entity ^c

Quarantine^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Quarantine

Mise à l'écart d'individus possiblement exposés, pour les empêcher de transmettre.

a pour super-classes: NonPharmaceuticalIntervention ^c

RateSpecification^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#RateSpecification

Façon dont le taux d'un flux est déterminé.

a pour super-classes: ModelParameter ^c
a pour sous-classes: CompartmentDependentRate ^c, ConstantRate ^c
a pour domaine: rateExpression ^dp
a pour cible: hasRate ^op

realizable entity^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000017

Dire que b est une entité réalisable revient à dire que b est un continuant spécifiquement dépendant qui inhère dans un continuant indépendant, autre qu'une région spatiale, et qui est d'un type dont les instances sont réalisées au cours de processus d'un type corrélé.

a pour super-classes: specifically dependent continuant ^c
a pour sous-classes: disposition ^c
a pour domaine: realized in ^op
a pour cible: realizes ^op
est disjoint avec: quality ^c

ReservoirRole^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ReservoirRole

Organisme ou milieu où l'agent pathogène persiste entre deux épidémies.

a pour super-classes: EpidemiologicalRole ^c
est disjoint avec: HostRole ^c, IntermediateHostRole ^c, VectorRole ^c

ReservoirState^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ReservoirState

Catégorie non humaine dont l'effectif courant peut faire varier un risque : escargots infectés, cercaires présentes dans un point d'eau, moustiques infectieux. Ce n'est pas un état de santé, parce que l'entité comptée n'est pas l'individu dont on modélise la maladie. C'est l'autre sorte de CouplingSource, celle qui rend la schistosomiase représentable.

a pour super-classes: CouplingSource ^c
a pour sous-classes: FreeLivingStageState ^c, NonHumanHostState ^c
a pour domaine: isStateOfRole ^op
a pour cible: hasReservoirState ^op
est disjoint avec: HealthState ^c, HealthStateTransition ^c, TransitionDeterminant ^c

RiskFactor^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#RiskFactor

Élément augmentant la probabilité d'une transition. Peut être un attribut individuel, un élément de contexte ou une exposition.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour cible: hasRiskFactor ^op
est disjoint avec: HealthState ^c, HealthStateTransition ^c, TransitionDeterminant ^c

RuleComponent^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#RuleComponent

Règle gouvernant le comportement du modèle : règle de décision, de comportement, d'interaction.

a pour super-classes: ModelComponent ^c
a pour sous-classes: Behavior ^c
est disjoint avec: EnvironmentComponent ^c, ModelParameter ^c, StateComponent ^c, TransitionComponent ^c

RuralPopulation^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#RuralPopulation

Population vivant majoritairement en zone rurale, à faible densité et à contacts moins fréquents.

a pour super-classes: Population ^c
est disjoint avec: MixedPopulation ^c, UrbanPopulation ^c

SchoolClosure^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#SchoolClosure

Fermeture des établissements scolaires.

a pour super-classes: NonPharmaceuticalIntervention ^c

ScreeningIntervention^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ScreeningIntervention

Détection appliquée à une population entière, y compris aux individus ne présentant aucun signe de la maladie. Le dépistage néonatal en est le cas type.

a pour super-classes: DetectionIntervention ^c
est disjoint avec: DiagnosisIntervention ^c

SimulationExecution^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#SimulationExecution

Ceci représente le processus d'exécution d'un modèle de simulation sur un simulateur. Ce n'est pas un artefact d'information mais un processus car il se déroule dans le temps.

a pour super-classes: process ^c
a pour domaine: appliesExecutionKnowledge ^op, executesModel ^op, executionStatus ^dp, producesResult ^op

SimulationKnowledgeArtifact^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#SimulationKnowledgeArtifact

Artefact d'information portant une connaissance utilisée pour construire, décrire ou exécuter un modèle de simulation.

a pour super-classes: information content entity ^c
a pour sous-classes: Climate ^c, ContextKnowledge ^c, CouplingSource ^c, DiseaseKnowledgeTemplate ^c, EpidemiologicalRole ^c, ExecutionKnowledge ^c, GeographicRegion ^c, GranularityLevel ^c, HealthInfrastructure ^c, HealthStateTransition ^c, IndividualAttribute ^c, Intervention ^c, ModelComponent ^c, ModelNature ^c, ModelPurpose ^c, ModelScope ^c, ModelStructureKnowledge ^c, ParadigmType ^c, Pathogen ^c, Population ^c, ProbabilityDistribution ^c, RiskFactor ^c, SimulationModel ^c, SimulationObservation ^c, SimulationResult ^c, SimulationScenario ^c, SpatialType ^c, TemporalType ^c, TransitionDeterminant ^c, TransmissionRoute ^c, ValidationMethod ^c

SimulationModel^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#SimulationModel

Représentation d'un système dont on étudie le comportement par simulation, indépendamment du paradigme employé.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: AgentBasedModel ^c, CompartmentalModel ^c, StaticApproximationModel ^c
a pour domaine: creationDate ^dp, hasAuthor ^dp, hasContextKnowledge ^op, hasExecutionKnowledge ^op, hasModelNature ^op, hasModelPurpose ^op, hasModelScope ^op, hasParameter ^op, hasStructureKnowledge ^op, hasValidationMethod ^op, modelDescription ^dp, modelName ^dp, modelVersion ^dp, usesScenario ^op
a pour cible: executesModel ^op

SimulationObservation^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#SimulationObservation

Données réelles observées, servant à valider un modèle par comparaison avec ses résultats.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c

SimulationResult^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#SimulationResult

Données produites par une exécution de simulation.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour cible: producesResult ^op

SimulationScenario^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#SimulationScenario

Ensemble d'hypothèses et de réglages sous lesquels un modèle est exécuté.

a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: InterventionScenario ^c
a pour domaine: endDate ^dp, scenarioDurationInDays ^dp, startDate ^dp
a pour cible: usesScenario ^op

SocialDistancing^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#SocialDistancing

Réduction des contacts rapprochés dans l'ensemble de la population.

a pour super-classes: NonPharmaceuticalIntervention ^c

SpatialType^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#SpatialType

Façon dont l'espace est représenté dans le modèle. Liste fermée.

Est équivalent à: { Geographic information system ⁿⁱ , grid ⁿⁱ , Network ⁿⁱ , Non spatial ⁿⁱ }
a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour cible: hasSpatialType ^op
a pour membres: Geographic information system ⁿⁱ, Network ⁿⁱ, Non spatial ⁿⁱ, grid ⁿⁱ

specifically dependent continuant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000020

b is a specifically dependent continuant = Def. b is a continuant & there is some independent continuant c which is not a spatial region and which is such that b s-depends_on c at every time t during the course of b’s existence.

a pour super-classes: continuant ^c
a pour sous-classes: quality ^c, realizable entity ^c
est disjoint avec: independent continuant ^c, generically dependent continuant ^c

StateComponent^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#StateComponent

État qu'une entité du modèle peut occuper à un instant donné. Se spécialise en compartiment pour les modèles compartimentaux [C3B] et en état d'agent pour les modèles à agents [C3A].

a pour super-classes: ModelComponent ^c
a pour sous-classes: AgentState ^c, Compartment ^c
a pour domaine: representsHealthState ^op
a pour cible: hasSourceState ^op, hasTargetState ^op
est disjoint avec: EnvironmentComponent ^c, ModelParameter ^c, RuleComponent ^c, TransitionComponent ^c

StaticApproximationAgentTransition^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#StaticApproximationAgentTransition

Transition d'agent qui représente une transition couplée, mais qui est déclenchée par les seuls attributs de l'agent, et non par une interaction. Forme multi-agents de l'approximation statique.

Est équivalent à: AttributeDrivenTransition ^c and (representsStateTransition ^op some CoupledTransition ^c)
a pour super-classes: AttributeDrivenTransition ^c

StaticApproximationFlow^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#StaticApproximationFlow

Flux qui représente une transition couplée, mais dont le taux est constant : il ne lit pas l'effectif dont dépend le risque. Forme compartimentale de l'approximation statique.

Est équivalent à: TransitionFlow ^c and (hasRate ^op some ConstantRate ^c) and (representsStateTransition ^op some CoupledTransition ^c)
a pour super-classes: TransitionFlow ^c

StaticApproximationModel^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#StaticApproximationModel

Modèle comportant au moins une approximation statique : il représente une transition couplée sans en réaliser le couplage. Il ignore donc les effets indirects d'une intervention, comme l'immunité de groupe. L'approximation est acceptable lorsque l'intervention étudiée ne modifie pas la transmission ; sinon, un modèle dynamique est nécessaire. Inféré par le raisonneur.

Est équivalent à: SimulationModel ^c and ((hasAgentTransition ^op some StaticApproximationAgentTransition ^c) or (hasFlow ^op some StaticApproximationFlow ^c))
a pour super-classes: SimulationModel ^c

StaticParameter^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#StaticParameter

Paramètre dont la valeur ne change pas au cours de la simulation.

a pour super-classes: ModelParameter ^c
est disjoint avec: DynamicParameter ^c

TemperateClimate^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#TemperateClimate

Climat à saisons marquées et températures modérées.

a pour super-classes: Climate ^c
est disjoint avec: AridClimate ^c, TropicalClimate ^c

TemporalType^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#TemporalType

Nature du temps dans le modèle. Liste fermée.

Est équivalent à: { Continuous time ⁿⁱ , Discrete time ⁿⁱ }
a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour cible: hasTemporalType ^op
a pour membres: Continuous time ⁿⁱ, Discrete time ⁿⁱ

transient disease course^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/OGMS_0000066

A disease course that terminates in a return to normal homeostasis.

a pour super-classes: disease course ^c

TransientCourseDiseaseKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#TransientCourseDiseaseKnowledge

Maladie dont le cours peut se terminer par un retour à l'homéostasie normale. Autorise une transition de retour vers un état sain.

Est équivalent à: DiseaseKnowledgeTemplate ^c and (hasDiseaseCourseShape ^op some transient disease course ^c)
a pour super-classes: DiseaseKnowledgeTemplate ^c

TransitionComponent^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#TransitionComponent

Passage d'un état à un autre. Possède exactement un état de départ et un état d'arrivée, quel que soit le paradigme. Une transition vers plusieurs états se représente par plusieurs transitions.

a pour super-classes: ModelComponent ^c
a pour sous-classes: AgentTransition ^c, TransitionFlow ^c
a pour domaine: hasSourceState ^op, hasTargetState ^op, representsStateTransition ^op
est disjoint avec: EnvironmentComponent ^c, ModelParameter ^c, RuleComponent ^c, StateComponent ^c

TransitionDeterminant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#TransitionDeterminant

Ce qui gouverne le taux ou la probabilité d'une transition. La distinction entre ses deux sous-classes N'EST PAS médicale mais structurelle : elle dit si le risque d'un individu dépend des autres. C'est elle, et non la taxonomie des maladies, qui détermine la famille de modèles utilisable.

Est équivalent à: IndividualDeterminant ^c or PopulationCoupledDeterminant ^c
a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour sous-classes: IndividualDeterminant ^c, PopulationCoupledDeterminant ^c
a pour domaine: determinantExpression ^dp, quantifiedBy ^op
a pour cible: isGovernedBy ^op, modifiesDeterminant ^op, realisesDeterminant ^op
est disjoint avec: ReservoirState ^c, HealthState ^c, HealthStateTransition ^c, IndividualAttribute ^c, HealthState ^c, HealthStateTransition ^c, RiskFactor ^c

TransitionFlow^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#TransitionFlow

Passage d'individus d'un compartiment à un autre, gouverné par un taux. Hérite de la transition de couche 2 ses états de départ et d'arrivée.

a pour super-classes: TransitionComponent ^c
a pour sous-classes: CoupledFlow ^c, StaticApproximationFlow ^c
a pour domaine: hasRate ^op
a pour cible: hasFlow ^op, involvesFlow ^op

TransmissionReducingIntervention^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#TransmissionReducingIntervention

Classe DÉFINIE : intervention agissant sur un déterminant couplé à la population. N'a de sens que pour une maladie transmissible, puisque réduire les contacts ne change rien lorsque le risque ne dépend que de l'individu.

Est équivalent à: Intervention ^c and (modifiesDeterminant ^op some PopulationCoupledDeterminant ^c)
a pour super-classes: Intervention ^c

TransmissionRoute^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#TransmissionRoute

Voie biologique par laquelle une maladie transmissible passe d'un hôte à un autre. Liste fermée.

Est équivalent à: { Airborne ⁿⁱ , Bloodborne ⁿⁱ , Direct contact ⁿⁱ , Droplet ⁿⁱ , Faecal-oral ⁿⁱ , Foodborne ⁿⁱ , Sexual ⁿⁱ , Vector-borne ⁿⁱ , Vertical ⁿⁱ , Waterborne ⁿⁱ }
a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour domaine: transmittedThroughRole ^op
a pour cible: hasTransmissionRoute ^op
a pour membres: Airborne ⁿⁱ, Bloodborne ⁿⁱ, Direct contact ⁿⁱ, Droplet ⁿⁱ, Faecal-oral ⁿⁱ, Foodborne ⁿⁱ, Sexual ⁿⁱ, Vector-borne ⁿⁱ, Vertical ⁿⁱ, Waterborne ⁿⁱ

Treatment^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Treatment

Traitement médicamenteux des individus atteints. Agit en général sur un déterminant individuel : il modifie la guérison ou la progression de l'individu traité.

a pour super-classes: PharmaceuticalIntervention ^c

TropicalClimate^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#TropicalClimate

Climat chaud et humide, favorable à de nombreux vecteurs.

a pour super-classes: Climate ^c
est disjoint avec: AridClimate ^c, TemperateClimate ^c

UniformDistribution^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#UniformDistribution

Loi donnant le même poids à toutes les valeurs entre deux bornes.

a pour super-classes: ProbabilityDistribution ^c
est disjoint avec: BernoulliDistribution ^c, BetaDistribution ^c, ExponentialDistribution ^c, GammaDistribution ^c, NormalDistribution ^c, PoissonDistribution ^c

UrbanPopulation^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#UrbanPopulation

Population vivant majoritairement en ville, à forte densité et à contacts fréquents.

a pour super-classes: Population ^c
est disjoint avec: MixedPopulation ^c, RuralPopulation ^c

Vaccination^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Vaccination

Campagne faisant passer des individus d'un état susceptible à un état protégé.

a pour super-classes: PharmaceuticalIntervention ^c

VaccinationCentre^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#VaccinationCentre

Structure dédiée à l'administration des vaccins.

a pour super-classes: HealthInfrastructure ^c

ValidationMethod^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ValidationMethod

Méthode par laquelle on montre que le modèle convient à son objectif. Liste fermée.

Est équivalent à: { Adequacy validation ⁿⁱ , Cross-model validation ⁿⁱ , Historical data validation ⁿⁱ , Statistical Validation ⁿⁱ }
a pour super-classes: SimulationKnowledgeArtifact ^c
a pour cible: hasValidationMethod ^op
a pour membres: Adequacy validation ⁿⁱ, Cross-model validation ⁿⁱ, Historical data validation ⁿⁱ, Statistical Validation ⁿⁱ

VectorRole^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#VectorRole

Organisme transportant l'agent pathogène d'un hôte à un autre sans subir la maladie.

a pour super-classes: EpidemiologicalRole ^c
est disjoint avec: HostRole ^c, IntermediateHostRole ^c, ReservoirRole ^c

Virus^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#Virus

Agent pathogène acellulaire, qui ne se réplique qu'à l'intérieur d'une cellule hôte.

a pour super-classes: Pathogen ^c
est disjoint avec: Bacterium ^c, Fungus ^c, Parasite ^c

Propriétés d'objet

appliesExecutionKnowledge
dependsOnAttribute
dependsOnCompartment
dependsOnCountIn
detects
executesModel
governsCompartment
has input
has output
has participant
hasAgentState
hasAgentTransition
hasAgentType
hasBehavior
hasClimate
hasCompartment
hasComponent
hasContextKnowledge
hasDiseaseCourseShape
hasEndAge
hasEnvironmentModel
hasEpidemiologicalRole
hasEquation
hasExecutionKnowledge
hasFlow
hasGeographicRegion
hasGranularityLevel
hasHealthInfrastructure
hasHealthState
hasMaterialBasisIn
hasModelNature
hasModelPurpose
hasModelScope
hasOnsetAge
hasParadigm
hasParameter
hasPathogen
hasPopulation
hasRate
hasReservoirState
hasRiskFactor
hasSensitivity
hasSourceHealthState
hasSourceState
hasSpatialType
hasSpecificity
hasStateTransition
hasStructureKnowledge
hasTargetHealthState
hasTargetState
hasTemporalType
hasTransmissionRoute
hasUncertaintyDistribution
hasValidationMethod
involvesAgentType
involvesFlow
is about
isGovernedBy
isLocatedInRegion
isStateOfRole
isSubRegionOf
mereotopologically related to
modifiesDeterminant
overlaps
part of
producesResult
quantifiedBy
realisesDeterminant
realized in
realizes
representsDisease
representsHealthState
representsPhaseOf
representsStateTransition
supersedesHealthState
transmittedThroughRole
triggeredBy
usesScenario

appliesExecutionKnowledge^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#appliesExecutionKnowledge

Lie un processus d'exécution à la configuration qu'il réalise. Fonctionnelle : une exécution applique une configuration et une seule.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: SimulationExecution ^c
a pour cible: ExecutionKnowledge ^c

dependsOnAttribute^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#dependsOnAttribute

Lie un déterminant aux attributs individuels qu'il lit.

a pour domaine: IndividualDeterminant ^c
a pour cible: IndividualAttribute ^c

dependsOnCompartment^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#dependsOnCompartment

Lie un taux aux compartiments dont il lit le contenu courant. Signature du couplage populationnel dans le paradigme compartimental.

a pour domaine: CompartmentDependentRate ^c
a pour cible: Compartment ^c

dependsOnCountIn^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#dependsOnCountIn

Lie un déterminant aux catégories dont il lit l'effectif courant. Signature du couplage populationnel. La catégorie lue est un état de santé lorsque le risque dépend des humains infectés, un état de réservoir lorsqu'il dépend d'un milieu ou d'un hôte non humain. Pendant exact de dependsOnCompartment [3B] et de triggeredBy sur une interaction [3A].

a pour domaine: PopulationCoupledDeterminant ^c
a pour cible: CouplingSource ^c

detects^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#detects

Lie une intervention de détection à la connaissance de maladie qu'elle recherche.

a pour domaine: DetectionIntervention ^c
a pour cible: DiseaseKnowledgeTemplate ^c

executesModel^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#executesModel

Lie une exécution au modèle qu'elle fait tourner.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: SimulationExecution ^c
a pour cible: SimulationModel ^c

governsCompartment^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#governsCompartment

Lie une équation au compartiment dont elle donne la variation.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: DifferentialEquation ^c
a pour cible: Compartment ^c

has input^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002233

p has input c iff: p is a process, c is a material entity, c is a participant in p, c is present at the start of p, and the state of c is modified during p.

a pour super-propriétés: has participant ^op
a pour domaine: process ^c

has output^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002234

p has output c iff c is a participant in p, c is present at the end of p, and c is not present in the same state at the beginning of p.

a pour super-propriétés: has participant ^op

has participant^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0000057

a relation between a process and a continuant, in which the continuant is somehow involved in the process.

a pour sous-propriétés: has input ^op, has output ^op
a pour domaine: occurrent ^c
a pour cible: continuant ^c

hasAgentState^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasAgentState

Lie une catégorie d'agents aux états que ses agents peuvent occuper.

a pour domaine: AgentType ^c
a pour cible: AgentState ^c

hasAgentTransition^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasAgentTransition

Lie un modèle aux changements d'état que ses agents peuvent subir.

a pour domaine: AgentBasedModel ^c
a pour cible: AgentTransition ^c

hasAgentType^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasAgentType

Lie un modèle aux catégories d'agents qu'il contient.

a pour domaine: AgentBasedModel ^c
a pour cible: AgentType ^c

hasBehavior^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasBehavior

Lie un modèle aux règles de comportement de ses agents.

a pour domaine: AgentBasedModel ^c
a pour cible: Behavior ^c

hasClimate^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasClimate

Lie un contexte à ses conditions climatiques.

a pour domaine: ContextKnowledge ^c
a pour cible: Climate ^c

hasCompartment^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasCompartment

Lie un modèle compartimental à ses compartiments.

a pour domaine: CompartmentalModel ^c
a pour cible: Compartment ^c

hasComponent^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasComponent

Lie une structure de modèle aux composants qu'elle contient.

a pour domaine: ModelStructureKnowledge ^c
a pour cible: ModelComponent ^c

hasContextKnowledge^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasContextKnowledge

Lie un modèle au contexte pour lequel il a été construit.

a pour domaine: SimulationModel ^c
a pour cible: ContextKnowledge ^c

hasDiseaseCourseShape^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasDiseaseCourseShape

Lie une connaissance de maladie à la forme dynamique de son cours, telle que classifiée par OGMS. Cette forme contraint la structure du modèle indépendamment du déterminant : elle dit si un retour à l'état sain est possible, si un état absorbant est requis ou si la progression est monotone.

a pour domaine: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour cible: disease course ^c

hasEndAge^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasEndAge

Lie un état de santé au paramètre donnant l'âge au-delà duquel un individu n'y est plus.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: HealthState ^c
a pour cible: ModelParameter ^c

hasEnvironmentModel^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasEnvironmentModel

Lie un modèle au milieu dans lequel ses agents évoluent.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: AgentBasedModel ^c
a pour cible: EnvironmentModel ^c

hasEpidemiologicalRole^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasEpidemiologicalRole

Lie une connaissance de maladie aux rôles intervenant dans son cycle de transmission.

a pour domaine: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour cible: EpidemiologicalRole ^c

hasEquation^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasEquation

Lie un modèle compartimental à ses équations différentielles.

a pour domaine: CompartmentalModel ^c
a pour cible: DifferentialEquation ^c

hasExecutionKnowledge^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasExecutionKnowledge

Lie un modèle aux configurations d'exécution définies pour lui. Non fonctionnelle : un même modèle peut être exécuté sous plusieurs configurations, simulateurs différents ou nombres de répétitions différents.

a pour domaine: SimulationModel ^c
a pour cible: ExecutionKnowledge ^c

hasFlow^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasFlow

Lie un modèle compartimental à ses flux.

a pour domaine: CompartmentalModel ^c
a pour cible: TransitionFlow ^c

hasGeographicRegion^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasGeographicRegion

Lie un contexte aux territoires qu'il couvre.

a pour domaine: ContextKnowledge ^c
a pour cible: GeographicRegion ^c

hasGranularityLevel^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasGranularityLevel

Lie une structure de modèle à son niveau de détail.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: ModelStructureKnowledge ^c
a pour cible: GranularityLevel ^c

hasHealthInfrastructure^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasHealthInfrastructure

Lie un contexte aux structures de santé disponibles.

a pour domaine: ContextKnowledge ^c
a pour cible: HealthInfrastructure ^c

hasHealthState^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasHealthState

Lie une connaissance de maladie aux états de santé qu'elle définit.

a pour domaine: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour cible: HealthState ^c

hasMaterialBasisIn^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasMaterialBasisIn

Lie une maladie au désordre qui en est la base physique. OGMS énonce cette relation dans la définition textuelle de la maladie, mais ne la formalise pas. IDO la formalise sous son propre IRI ; nous la déclarons ici pour ne pas dépendre d'IDO.

a pour domaine: disease ^c
a pour cible: disorder ^c

hasModelNature^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasModelNature

Dit si le modèle est mécaniste, empirique ou mixte. Fonctionnelle.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: SimulationModel ^c
a pour cible: ModelNature ^c

hasModelPurpose^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasModelPurpose

Lie un modèle aux objectifs pour lesquels il a été construit. Non fonctionnelle, délibérément : un même modèle peut servir à plusieurs choses, par exemple à comprendre une dynamique et à planifier une riposte.

a pour domaine: SimulationModel ^c
a pour cible: ModelPurpose ^c

hasModelScope^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasModelScope

Dit si le modèle est général ou spécifique. Fonctionnelle : un modèle est l'un ou l'autre, pas les deux.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: SimulationModel ^c
a pour cible: ModelScope ^c

hasOnsetAge^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasOnsetAge

Lie un état de santé au paramètre donnant l'âge à partir duquel un individu peut y entrer.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: HealthState ^c
a pour cible: ModelParameter ^c

hasParadigm^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasParadigm

Lie une structure de modèle à sa nature déterministe ou stochastique.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: ModelStructureKnowledge ^c
a pour cible: ParadigmType ^c

hasParameter^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasParameter

Lie un modèle à ses paramètres.

a pour domaine: SimulationModel ^c
a pour cible: ModelParameter ^c

hasPathogen^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasPathogen

Lie une connaissance de maladie à l'agent pathogène qui la cause.

a pour domaine: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour cible: Pathogen ^c

hasPopulation^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasPopulation

Lie un contexte aux populations qu'il concerne.

a pour domaine: ContextKnowledge ^c
a pour cible: Population ^c

hasRate^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasRate

Lie un flux à la façon dont son taux est déterminé.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: TransitionFlow ^c
a pour cible: RateSpecification ^c

hasReservoirState^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasReservoirState

Lie une connaissance de maladie aux états de réservoir qui interviennent dans sa transmission. Une maladie qui en déclare au moins un est classée transmission médiée par l'environnement, sans que personne ne l'ait dit.

a pour domaine: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour cible: ReservoirState ^c

hasRiskFactor^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasRiskFactor

Lie une connaissance de maladie à ses facteurs de risque.

a pour domaine: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour cible: RiskFactor ^c

hasSensitivity^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasSensitivity

Lie une intervention de détection au paramètre qui en donne la sensibilité : la part des individus atteints que le test trouve effectivement. Passer par un paramètre plutôt que par un nombre en clair permet à la sensibilité de porter sa propre incertitude.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: DetectionIntervention ^c
a pour cible: ModelParameter ^c

hasSourceHealthState^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasSourceHealthState

État de santé de départ d'une transition. Distincte de hasSourceState de la couche 2, qui relie des composants de modèle et non des connaissances.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: HealthStateTransition ^c
a pour cible: HealthState ^c

hasSourceState^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasSourceState

État de départ d'une transition.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: TransitionComponent ^c
a pour cible: StateComponent ^c

hasSpatialType^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasSpatialType

Lie une structure de modèle à son traitement de l'espace.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: ModelStructureKnowledge ^c
a pour cible: SpatialType ^c

hasSpecificity^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasSpecificity

Lie une intervention de détection au paramètre qui en donne la spécificité : la part des individus indemnes que le test écarte correctement.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: DetectionIntervention ^c
a pour cible: ModelParameter ^c

hasStateTransition^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasStateTransition

Lie une connaissance de maladie aux transitions qu'elle autorise.

a pour domaine: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour cible: HealthStateTransition ^c

hasStructureKnowledge^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasStructureKnowledge

Lie un modèle à la connaissance décrivant sa structure interne.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: SimulationModel ^c
a pour cible: ModelStructureKnowledge ^c

hasTargetHealthState^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasTargetHealthState

État de santé d'arrivée d'une transition.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: HealthStateTransition ^c
a pour cible: HealthState ^c

hasTargetState^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasTargetState

État d'arrivée d'une transition.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: TransitionComponent ^c
a pour cible: StateComponent ^c

hasTemporalType^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasTemporalType

Lie une structure de modèle à son traitement du temps.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: ModelStructureKnowledge ^c
a pour cible: TemporalType ^c

hasTransmissionRoute^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasTransmissionRoute

Lie une connaissance de maladie aux voies par lesquelles elle se transmet.

a pour domaine: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour cible: TransmissionRoute ^c

hasUncertaintyDistribution^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasUncertaintyDistribution

Lie un paramètre à la loi de probabilité qui décrit l'incertitude sur sa valeur. C'est ce qui rend possible l'analyse de sensibilité probabiliste : au lieu d'une valeur unique, le paramètre porte la loi dont sa valeur est tirée à chaque répétition de l'exécution.

a pour domaine: ModelParameter ^c
a pour cible: ProbabilityDistribution ^c

hasValidationMethod^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasValidationMethod

Lie un modèle aux méthodes par lesquelles il a été validé.

a pour domaine: SimulationModel ^c
a pour cible: ValidationMethod ^c

involvesAgentType^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#involvesAgentType

Lie une sorte d'interaction aux catégories d'agents qui y participent.

a pour domaine: InteractionType ^c
a pour cible: AgentType ^c

involvesFlow^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#involvesFlow

Lie une équation aux flux qui y figurent.

a pour domaine: DifferentialEquation ^c
a pour cible: TransitionFlow ^c

is about^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136

A (currently) primitive relation that relates an information artifact to an entity.

a pour sous-propriétés: realisesDeterminant ^op, representsDisease ^op, representsHealthState ^op, representsPhaseOf ^op, representsStateTransition ^op
a pour domaine: information content entity ^c

isGovernedBy^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#isGovernedBy

Lie une transition aux déterminants qui en fixent le taux ou la probabilité.

a pour domaine: HealthStateTransition ^c
a pour cible: TransitionDeterminant ^c

isLocatedInRegion^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#isLocatedInRegion

Lie une population au territoire où elle vit.

a pour domaine: Population ^c
a pour cible: GeographicRegion ^c

isStateOfRole^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#isStateOfRole

Lie un état de réservoir au rôle épidémiologique dont il quantifie l'effectif : le rôle d'hôte intermédiaire pour les escargots infectés, le rôle de réservoir pour les cercaires présentes dans l'eau. Fonctionnelle : un effectif ne quantifie qu'un seul rôle.

a pour caractéristiques: Fonctionnel

a pour domaine: ReservoirState ^c
a pour cible: EpidemiologicalRole ^c

isSubRegionOf^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#isSubRegionOf

Lie un territoire au territoire plus large qui le contient. Transitive : un district dans une région dans un pays est dans ce pays. RO:located in n'est délibérément pas réutilisée ici, car elle relie des entités matérielles réelles, alors que nos régions sont des descriptions de territoires.

a pour caractéristiques: transitive

a pour domaine: GeographicRegion ^c
a pour cible: GeographicRegion ^c

mereotopologically related to^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002323

A mereological relationship or a topological relationship

a pour sous-propriétés: overlaps ^op

modifiesDeterminant^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#modifiesDeterminant

Lie une intervention aux déterminants dont elle modifie la valeur. C'est ce qui donne un sens formel à une intervention : sans cela, c'est une étiquette.

a pour domaine: Intervention ^c
a pour cible: TransitionDeterminant ^c

overlaps^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002131

A overlaps B if they share some part in common. x overlaps y if and only if there exists some z such that x has part z and z part of y

a pour caractéristiques: symétrique

a pour super-propriétés: mereotopologically related to ^op
a pour sous-propriétés: part of ^op

part of^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000050

a core relation that holds between a part and its whole

a pour caractéristiques: transitive

a pour super-propriétés: overlaps ^op

producesResult^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#producesResult

Lie une exécution aux données qu'elle produit.

a pour domaine: SimulationExecution ^c
a pour cible: SimulationResult ^c

quantifiedBy^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#quantifiedBy

Lie un déterminant au paramètre qui lui donne sa valeur : beta, gamma, un rapport de risque.

a pour domaine: TransitionDeterminant ^c
a pour cible: ModelParameter ^c

realisesDeterminant^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#realisesDeterminant

Déclare quel déterminant un composant de modèle réalise : un taux dépendant d'un compartiment [3B] ou une transition déclenchée par une interaction [3A] réalisent tous deux un déterminant couplé à la population.

a pour super-propriétés: is about ^op
a pour domaine: ModelComponent ^c
a pour cible: TransitionDeterminant ^c

realized in^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000054

Paraphrase of elucidation: a relation between a realizable entity and a process, where there is some material entity that is bearer of the realizable entity and participates in the process, and the realizable entity comes to be realized in the course of the process

a pour domaine: realizable entity ^c
a pour cible: process ^c
est inverse de: realizes ^op

realizes^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000055

Paraphrase of elucidation: a relation between a process and a realizable entity, where there is some material entity that is bearer of the realizable entity and participates in the process, and the realizable entity comes to be realized in the course of the process

a pour domaine: process ^c
a pour cible: realizable entity ^c
est inverse de: realized in ^op

representsDisease^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#representsDisease

Lie un artefact de connaissance de maladie à la maladie réelle dont il parle, c'est-à-dire une disposition portée par un organisme. Unique point de contact entre la couche informationnelle d'OntoSim-Dis et l'ontologie réaliste OGMS.

a pour super-propriétés: is about ^op
a pour domaine: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour cible: disease ^c

representsHealthState^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#representsHealthState

Déclare quel état de santé un composant d'état de modèle représente. Un compartiment S et un état d'agent susceptible utilisent tous deux cette même propriété.

a pour super-propriétés: is about ^op
a pour domaine: StateComponent ^c
a pour cible: HealthState ^c

representsPhaseOf^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#representsPhaseOf

Lie un état de santé à la phase du cours de maladie qu'il représente. Un état de santé n'est pas une phase réelle : c'est une abstraction de modélisation qui en tient lieu.

a pour super-propriétés: is about ^op
a pour domaine: HealthState ^c
a pour cible: disease course ^c

representsStateTransition^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#representsStateTransition

Déclare quelle transition d'état de santé un composant de transition de modèle représente.

a pour super-propriétés: is about ^op
a pour domaine: TransitionComponent ^c
a pour cible: HealthStateTransition ^c

supersedesHealthState^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#supersedesHealthState

Ordre de progression entre états de santé, lorsqu'il en existe un.

a pour domaine: HealthState ^c
a pour cible: HealthState ^c

transmittedThroughRole^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#transmittedThroughRole

Lie une voie de transmission au rôle par lequel elle passe, lorsqu'elle passe par un organisme vivant ou un milieu.

a pour domaine: TransmissionRoute ^c
a pour cible: EpidemiologicalRole ^c

triggeredBy^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#triggeredBy

Lie une transition à la sorte d'interaction qui la déclenche. Signature du couplage populationnel dans le paradigme multi-agents.

a pour domaine: AgentTransition ^c
a pour cible: InteractionType ^c

usesScenario^op Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés d'objet

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#usesScenario

Lie un modèle aux scénarios sous lesquels il est exécuté.

a pour domaine: SimulationModel ^c
a pour cible: SimulationScenario ^c

Propriétés de donnée

agentTypeName
alphaParameter
averageHouseholdSize
avgHumidity
avgTemperature
basicReproductionNumber
behaviorExpression
betaParameter
caseFatalityRate
compartmentInitialSize
compartmentSymbol
contactRatePerDay
coverageRate
creationDate
defaultValue
determinantExpression
diseaseName
endDate
equationExpression
executionStatus
hasAuthor
hasPermanentImmunity
hasRefToDO
hasRefToICD
hasRefToNCBITaxon
hasRefToSNOMED
healthStateName
hospitalCapacity
incubationPeriodDays
infectiousPeriodDays
initialAgentCount
interactionProbability
interventionEndDate
interventionIntensity
interventionStartDate
isAbsorbingState
lambdaParameter
latentPeriodDays
lowerLimitParameter
meanParameter
medianAge
modelDescription
modelName
modelVersion
numberOfRuns
numberOfZones
parameterName
parameterUnit
parameterValue
pathogenName
populationDensity
populationSize
probabilityParameter
randomSeed
rateConstantValue
rateExpression
regionName
reinfectionPossible
scenarioDurationInDays
simulationDurationInDays
simulatorName
simulatorVersion
standardDeviationParameter
startDate
timeStepInDays
upperLimitParameter

agentTypeName^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#agentTypeName

Nom de la catégorie d'agents.

a pour domaine: AgentType ^c
a pour cible: string

alphaParameter^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#alphaParameter

Paramètre de forme d'une loi bêta ou gamma.

a pour domaine: ProbabilityDistribution ^c
a pour cible: double

averageHouseholdSize^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#averageHouseholdSize

Nombre moyen de personnes par ménage. Gouverne l'intensité des contacts domestiques.

a pour domaine: Population ^c
a pour cible: double

avgHumidity^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#avgHumidity

Humidité relative moyenne en pourcentage.

a pour domaine: Climate ^c
a pour cible: double

avgTemperature^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#avgTemperature

Température moyenne annuelle, en degrés Celsius.

a pour domaine: Climate ^c
a pour cible: double

basicReproductionNumber^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#basicReproductionNumber

Nombre moyen de cas secondaires produits par un cas dans une population entièrement susceptible.

a pour domaine: InfectiousDiseaseKnowledge ^c
a pour cible: double

behaviorExpression^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#behaviorExpression

Expression textuelle de la règle de comportement.

a pour domaine: Behavior ^c
a pour cible: string

betaParameter^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#betaParameter

Second paramètre de forme d'une loi bêta.

a pour domaine: ProbabilityDistribution ^c
a pour cible: double

caseFatalityRate^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#caseFatalityRate

Fraction des cas symptomatiques se terminant par un décès, entre 0 et 1. Générique : vaut pour toute maladie létale.

a pour domaine: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour cible: double

compartmentInitialSize^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#compartmentInitialSize

Nombre d'individus dans le compartiment au début de la simulation.

a pour domaine: Compartment ^c
a pour cible: double

compartmentSymbol^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#compartmentSymbol

Symbole du compartiment dans les équations, par exemple S ou I.

a pour domaine: Compartment ^c
a pour cible: string

contactRatePerDay^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#contactRatePerDay

Nombre moyen d'interactions de cette sorte par agent et par jour.

a pour domaine: InteractionType ^c
a pour cible: double

coverageRate^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#coverageRate

Fraction de la population visée effectivement atteinte par l'intervention, entre 0 et 1. Pour une vaccination, c'est le taux de vaccination.

a pour domaine: Intervention ^c
a pour cible: double

creationDate^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#creationDate

Date de création du modèle.

a pour domaine: SimulationModel ^c
a pour cible: date Time

defaultValue^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#defaultValue

Valeur utilisée lorsqu'aucune n'est fournie.

a pour domaine: ModelParameter ^c
a pour cible: double

determinantExpression^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#determinantExpression

Expression textuelle du déterminant, par exemple beta * I / N.

a pour domaine: TransitionDeterminant ^c
a pour cible: string

diseaseName^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#diseaseName

Nom officiel de la maladie.

a pour domaine: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour cible: string

endDate^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#endDate

Date de fin du scénario.

a pour domaine: SimulationScenario ^c
a pour cible: date Time

equationExpression^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#equationExpression

Expression textuelle de l'équation, par exemple dS/dt = -beta * S * I / N.

a pour domaine: DifferentialEquation ^c
a pour cible: string

executionStatus^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#executionStatus

État de l'exécution : en attente, en cours, terminée, échouée.

a pour domaine: SimulationExecution ^c
a pour cible: string

hasAuthor^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasAuthor

Le nom de l'auteur du modèle est sous forme de texte et non en classe.

a pour domaine: SimulationModel ^c
a pour cible: string

hasPermanentImmunity^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasPermanentImmunity

Vrai lorsque l'immunité acquise après guérison dure toute la vie.

a pour domaine: InfectiousDiseaseKnowledge ^c
a pour cible: boolean

hasRefToDO^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasRefToDO

Identifiant Disease Ontology. Rattache la taxonomie médicale, délibérément tenue HORS de la structure de l'ontologie.

a pour domaine: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour cible: string

hasRefToICD^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasRefToICD

Code CIM de la maladie. Reprend la convention d'OSDi pour faciliter l'alignement.

a pour domaine: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour cible: string

hasRefToNCBITaxon^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasRefToNCBITaxon

Identifiant NCBI Taxonomy de l'agent pathogène. Rattache la taxonomie biologique, délibérément tenue hors de la structure de l'ontologie.

a pour domaine: Pathogen ^c
a pour cible: string

hasRefToSNOMED^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hasRefToSNOMED

Identifiant SNOMED CT de la maladie. Reprend la convention d'OSDi.

a pour domaine: DiseaseKnowledgeTemplate ^c
a pour cible: string

healthStateName^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#healthStateName

Nom de l'état de santé.

a pour domaine: HealthState ^c
a pour cible: string

hospitalCapacity^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#hospitalCapacity

Nombre de lits disponibles. Fixe le seuil de saturation.

a pour domaine: HealthInfrastructure ^c
a pour cible: integer

incubationPeriodDays^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#incubationPeriodDays

Durée moyenne entre l'infection et les premiers symptômes, en jours.

a pour domaine: InfectiousDiseaseKnowledge ^c
a pour cible: double

infectiousPeriodDays^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#infectiousPeriodDays

Durée moyenne pendant laquelle un hôte peut transmettre, en jours.

a pour domaine: InfectiousDiseaseKnowledge ^c
a pour cible: double

initialAgentCount^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#initialAgentCount

Nombre d'agents de cette catégorie au début de la simulation.

a pour domaine: AgentType ^c
a pour cible: integer

interactionProbability^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#interactionProbability

Probabilité que l'interaction entraîne la transition qu'elle déclenche.

a pour domaine: InteractionType ^c
a pour cible: double

interventionEndDate^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#interventionEndDate

Date de fin de l'intervention, ce qui permet de modéliser les interventions intermittentes.

a pour domaine: Intervention ^c
a pour cible: date Time

interventionIntensity^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#interventionIntensity

Intensité de l'intervention, entre 0 et 1. 0 signifie aucun effet, 1 un effet maximal.

a pour domaine: Intervention ^c
a pour cible: double

interventionStartDate^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#interventionStartDate

Date de début d'application de l'intervention.

a pour domaine: Intervention ^c
a pour cible: date Time

isAbsorbingState^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#isAbsorbingState

Vrai lorsqu'aucune transition ne quitte cet état, par exemple le décès.

a pour domaine: HealthState ^c
a pour cible: boolean

lambdaParameter^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#lambdaParameter

Paramètre de taux d'une loi exponentielle, gamma ou de Poisson.

a pour domaine: ProbabilityDistribution ^c
a pour cible: double

latentPeriodDays^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#latentPeriodDays

Durée moyenne entre l'infection et le moment où l'hôte devient infectieux, en jours. Distincte de la période d'incubation : on peut transmettre avant d'avoir des symptômes.

a pour domaine: InfectiousDiseaseKnowledge ^c
a pour cible: double

lowerLimitParameter^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#lowerLimitParameter

Borne inférieure d'une loi uniforme.

a pour domaine: ProbabilityDistribution ^c
a pour cible: double

meanParameter^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#meanParameter

Moyenne d'une loi normale.

a pour domaine: ProbabilityDistribution ^c
a pour cible: double

medianAge^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#medianAge

Âge médian de la population, en années.

a pour domaine: Population ^c
a pour cible: double

modelDescription^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#modelDescription

Description libre du modèle.

a pour domaine: SimulationModel ^c
a pour cible: string

modelName^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#modelName

Nom du modèle

a pour domaine: SimulationModel ^c
a pour cible: string

modelVersion^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#modelVersion

Version du modèle.

a pour domaine: SimulationModel ^c
a pour cible: string

numberOfRuns^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#numberOfRuns

Nombre de répétitions de l'exécution, utile pour les modèles stochastiques.

a pour domaine: ExecutionKnowledge ^c
a pour cible: integer

numberOfZones^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#numberOfZones

Nombre de sous-zones administratives.

a pour domaine: GeographicRegion ^c
a pour cible: integer

parameterName^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#parameterName

Nom du paramètre, par exemple beta.

a pour domaine: ModelParameter ^c
a pour cible: string

parameterUnit^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#parameterUnit

Unité du paramètre, par exemple jour^-1.

a pour domaine: ModelParameter ^c
a pour cible: string

parameterValue^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#parameterValue

Valeur numérique du paramètre.

a pour domaine: ModelParameter ^c
a pour cible: double

pathogenName^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#pathogenName

Nom scientifique de l'agent pathogène.

a pour domaine: Pathogen ^c
a pour cible: string

populationDensity^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#populationDensity

Densité en habitants par kilomètre carré.

a pour domaine: Population ^c
a pour cible: double

populationSize^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#populationSize

Effectif de la population.

a pour domaine: Population ^c
a pour cible: integer

probabilityParameter^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#probabilityParameter

Probabilité de succès d'une loi de Bernoulli, entre 0 et 1.

a pour domaine: ProbabilityDistribution ^c
a pour cible: double

randomSeed^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#randomSeed

Graine du générateur aléatoire, nécessaire pour reproduire une exécution stochastique.

a pour domaine: ExecutionKnowledge ^c
a pour cible: integer

rateConstantValue^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#rateConstantValue

Valeur d'un taux constant, par jour.

a pour domaine: ConstantRate ^c
a pour cible: double

rateExpression^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#rateExpression

Expression textuelle du taux, par exemple beta * I / N.

a pour domaine: RateSpecification ^c
a pour cible: string

regionName^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#regionName

Nom officiel du territoire.

a pour domaine: GeographicRegion ^c
a pour cible: string

reinfectionPossible^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#reinfectionPossible

Vrai lorsqu'un hôte guéri peut être infecté à nouveau.

a pour domaine: InfectiousDiseaseKnowledge ^c
a pour cible: boolean

scenarioDurationInDays^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#scenarioDurationInDays

Durée couverte par le scénario en jours

a pour domaine: SimulationScenario ^c
a pour cible: double

simulationDurationInDays^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#simulationDurationInDays

Durée totale simulée en jours

a pour domaine: ModelStructureKnowledge ^c
a pour cible: double

simulatorName^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#simulatorName

Nom du simulateur employé, par exemple JaDES, GAMA, NetLogo.

a pour domaine: ExecutionKnowledge ^c
a pour cible: string

simulatorVersion^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#simulatorVersion

Version du simulateur employé.

a pour domaine: ExecutionKnowledge ^c
a pour cible: string

standardDeviationParameter^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#standardDeviationParameter

Écart type d'une loi normale

a pour domaine: ProbabilityDistribution ^c
a pour cible: double

startDate^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#startDate

Date de début du scénario.

a pour domaine: SimulationScenario ^c
a pour cible: date Time

timeStepInDays^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#timeStepInDays

Durée d'un pas de simulation en jours

a pour domaine: ModelStructureKnowledge ^c
a pour cible: double

upperLimitParameter^dp Retour à Table des matières ou Retour vers les propriétés de données

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#upperLimitParameter

Borne supérieure d'une loi uniforme.

a pour domaine: ProbabilityDistribution ^c
a pour cible: double

Individus nommés

Adequacy validationⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#ADEQUACY

Évaluation qualitative de la logique et des hypothèses du modèle.

appartient à: ValidationMethod ^c

Airborneⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#AIRBORNE

Par des particules fines restant en suspension dans l'air.

appartient à: TransmissionRoute ^c

Bloodborneⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#BLOODBORNE

Par le sang ou des produits sanguins.

appartient à: TransmissionRoute ^c

Continuous timeⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#CONTINUOUS

Le temps s'écoule continûment, exemple les équations différentielles.

appartient à: TemporalType ^c

Cross-model validationⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#CROSS_MODEL

Comparaison avec un modèle établi du même phénomène.

appartient à: ValidationMethod ^c

Deterministicⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#DETERMINISTIC

Les mêmes entrées donnent toujours les mêmes sorties.

appartient à: ParadigmType ^c

Direct contactⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#DIRECT_CONTACT

Par contact physique entre deux hôtes.

appartient à: TransmissionRoute ^c

Discrete timeⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#DISCRETE

Le temps avance par pas ou par événements.

appartient à: TemporalType ^c

Dropletⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#DROPLET

Par des gouttelettes respiratoires projetées à courte distance.

appartient à: TransmissionRoute ^c

Dynamics researchⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#DYNAMICS_RESEARCH

Explorer les mécanismes de propagation des maladies, leurs dynamiques et les facteurs qui les influencent. Objectif de compréhension.

appartient à: ModelPurpose ^c

Empiricalⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#EMPIRICAL

Modèle dit à boîte noire, qui décrit les réponses du système par des équations ajustées sur des données expérimentales, sans intégrer de principe scientifique ni d'explication dynamique. Le fonctionnement interne reste inconnu.

appartient à: ModelNature ^c

Epidemic planningⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#EPIDEMIC_PLANNING

Anticiper et gérer des épidémies potentielles en testant des interventions et des stratégies, comme les fermetures d'écoles ou les campagnes de vaccination. Objectif de prédiction.

appartient à: ModelPurpose ^c

Faecal-oralⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#FECAL_ORAL

Par ingestion de matières contaminées par des selles.

appartient à: TransmissionRoute ^c

Foodborneⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#FOODBORNE

Par des aliments contaminés.

appartient à: TransmissionRoute ^c

Generalⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#GENERAL

Modèle employant des dynamiques génériques et des paramètres ajustables, qui permet de simuler un large éventail de maladies partageant des mécanismes similaires. Demande moins de données et sert à la planification épidémique.

appartient à: ModelScope ^c

Geographic information systemⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#GIS

L'espace est représenté par des données géographiques réelles.

appartient à: SpatialType ^c

Grey boxⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#GREY_BOX

Modèle mêlant une part mécaniste et une part empirique : certains sous-systèmes sont décrits par leurs mécanismes, d'autres par des relations ajustées sur les données.

appartient à: ModelNature ^c

gridⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#GRID

L'espace est représenté par une grille régulière de cellules.

appartient à: SpatialType ^c

Groupⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#GROUP

Les individus sont regroupés en groupes homogènes.

appartient à: GranularityLevel ^c

Historical data validationⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#HISTORICAL_DATA

Comparaison des résultats avec des données réelles observées.

appartient à: ValidationMethod ^c

Individualⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#INDIVIDUAL

Chaque individu est représenté séparément.

appartient à: GranularityLevel ^c

Mechanisticⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#MECHANISTIC

Modèle dit à boîte blanche, construit sur la connaissance du fonctionnement du système, de ses éléments et de leurs interactions. Fournit des explications causales, au prix d'une complexité accrue.

appartient à: ModelNature ^c

Methodological researchⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#METHODOLOGICAL_RESEARCH

Améliorer les approches de modélisation elles-mêmes, pour les rendre plus efficaces, plus rapides ou plus robustes. Objectif de compréhension.

appartient à: ModelPurpose ^c

Multiscaleⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#MULTISCALE

Plusieurs niveaux de détail coexistent dans le même modèle.

appartient à: GranularityLevel ^c

Networkⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#NETWORK

L'espace est représenté par un réseau de contacts ou de connexions.

appartient à: SpatialType ^c

Non spatialⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#NON_SPATIAL

L'espace n'est pas représenté, la population est supposée bien mélangée.

appartient à: SpatialType ^c

Regionalⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#REGIONAL

L'unité décrite est un territoire.

appartient à: GranularityLevel ^c

Retrospective analysisⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#RETROSPECTIVE_ANALYSIS

Étudier une épidémie passée pour évaluer l'efficacité des réponses et préparer les interventions futures. Objectif de prédiction.

appartient à: ModelPurpose ^c

Sexualⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#SEXUAL

Par contact sexuel.

appartient à: TransmissionRoute ^c

Specificⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#SPECIFIC

Modèle intégrant les mécanismes de transmission et les facteurs propres à une maladie précise, souvent dans un contexte donné. Demande des données précises et sert à évaluer des interventions ciblées.

appartient à: ModelScope ^c

Statistical Validationⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#STATISTICAL

Test statistique de l'accord entre les résultats et des données de référence.

appartient à: ValidationMethod ^c

Stochasticⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#STOCHASTIC

Le hasard intervient et les résultats varient d'une exécution à l'autre.

appartient à: ParadigmType ^c

Vector-borneⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#VECTOR_BORNE

Par un vecteur vivant, le plus souvent un arthropode. Voie du paludisme et de la dengue.

appartient à: TransmissionRoute ^c

Verticalⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#VERTICAL

De la mère à l'enfant, pendant la grossesse, l'accouchement ou l'allaitement.

appartient à: TransmissionRoute ^c

Waterborneⁿⁱ Retour à Table des matières ou Retour vers l'individu nommé

IRI: https://w3id.org/ontosim-dis#WATERBORNE

Par de l'eau contaminée. Voie de la schistosomiase et du choléra.

appartient à: TransmissionRoute ^c

Légende Retour ToC

^c: Classes
^op: Object Properties
^dp: Data Properties
ⁿⁱ: Individus nommés

Remerciements retour au sommaire

Les auteurs voudraient remercier Silvio Peroni pour le développement de LODE, a Live OWL Documentation Environment, qui est utilisé pour représenter les sections de Référencement croisé dans ce document, et Daniel Garijo pour le développement de Widoco, le programme utilisé pour créer le template de cette documentation.

OntoSim-Dis : une ontologie des modèles de simulation des maladies

Release: 2026

Résumé

OntoSim-Dis - ontologie complète: Aperçu retour au sommaire

Classes

Object Properties

Data Properties

Individus nommés

OntoSim-Dis - ontologie complète: Description retour au sommaire

Réference croisée pour OntoSim-Dis - ontologie complète classes, propriétés et data-propriétés retour au sommaire

Classes

acute disease coursec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

AcuteCourseDiseaseKnowledgec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

AdministrativeRegionc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

AgentBasedModelc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

AgentStatec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

AgentTransitionc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

AgentTypec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

AridClimatec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

AttributeDrivenTransitionc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Bacteriumc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Behaviorc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

BernoulliDistributionc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

BetaDistributionc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

chronic disease coursec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

ChronicCourseDiseaseKnowledgec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Cityc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Climatec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Compartmentc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CompartmentalModelc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CompartmentDependentRatec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

ConstantRatec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

ContextKnowledgec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

continuantc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Countryc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CoupledAgentBasedModelc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CoupledCompartmentalModelc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CoupledDiseaseKnowledgec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CoupledFlowc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CoupledTransitionc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CouplingSourcec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

DetectionInterventionc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

DiagnosisInterventionc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

DifferentialEquationc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

DirectlyCoupledDeterminantc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

diseasec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

disease coursec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

DiseaseKnowledgeTemplatec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

disorderc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

dispositionc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Districtc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

DynamicParameterc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

entityc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

EnvironmentallyMediatedDiseaseKnowledgec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

EnvironmentComponentc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

EnvironmentModelc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

EpidemiologicalRolec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

ExecutionKnowledgec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

ExponentialDistributionc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

extended organismc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

FreeLivingStageStatec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Fungusc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

GammaDistributionc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

generically dependent continuantc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

GeographicRegionc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

GranularityLevelc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

HealthCentrec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

HealthInfrastructurec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

HealthStatec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

HealthStateTransitionc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Hospitalc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

HostRolec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

immaterial entityc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

independent continuantc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IndirectlyCoupledDeterminantc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IndividualAttributec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IndividualDeterminantc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IndividualProgressionDiseaseKnowledgec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

InfectiousDiseaseKnowledgec Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

information content entityc Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

acute disease course^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

AcuteCourseDiseaseKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

AdministrativeRegion^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

AgentBasedModel^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

AgentState^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

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AgentType^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

AridClimate^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

AttributeDrivenTransition^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Bacterium^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Behavior^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

BernoulliDistribution^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

BetaDistribution^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

chronic disease course^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

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City^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Climate^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Compartment^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CompartmentalModel^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CompartmentDependentRate^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

ConstantRate^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

ContextKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

continuant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Country^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CoupledAgentBasedModel^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CoupledCompartmentalModel^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CoupledDiseaseKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CoupledFlow^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CoupledTransition^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

CouplingSource^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

DetectionIntervention^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

DiagnosisIntervention^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

DifferentialEquation^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

DirectlyCoupledDeterminant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

disease^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

disease course^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

DiseaseKnowledgeTemplate^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

disorder^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

disposition^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

District^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

DynamicParameter^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

entity^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

EnvironmentallyMediatedDiseaseKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

EnvironmentComponent^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

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EpidemiologicalRole^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

ExecutionKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

ExponentialDistribution^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

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FreeLivingStageState^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Fungus^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

GammaDistribution^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

generically dependent continuant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

GeographicRegion^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

GranularityLevel^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

HealthCentre^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

HealthInfrastructure^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

HealthState^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

HealthStateTransition^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Hospital^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

HostRole^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

immaterial entity^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

independent continuant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IndirectlyCoupledDeterminant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IndividualAttribute^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IndividualDeterminant^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IndividualProgressionDiseaseKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

InfectiousDiseaseKnowledge^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

information content entity^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

InitialCondition^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

InteractionTriggeredTransition^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

InteractionType^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

IntermediateHostRole^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Intervention^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

InterventionScenario^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

Isolation^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

MaskWearing^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

material entity^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

MixedPopulation^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes

ModelComponent^c Retour à Table des matières ou Retour vers les classes